《法門寺猜想》講了一對戀人的三世情緣。唐朝的元公主與法門寺的小和尚覺能相戀，后來覺能知道自己是被掉包的皇子，而公主是宰相的女兒。覺能后為保護佛骨自焚而亡。公主也自刎了。第二世是一個賣茶的緣妹和一個金銀匠阜能的故事。兩人相戀，但緣妹被外族拓跋氏看上，阜能為了國家，也為了緣妹，只得遠征拓跋。第三世主持人元緣和年輕的歷史學家小唐在挖掘法門寺時相識。小唐寫了《法門寺猜想》的劇本給元緣，元緣后來才明白自己也許就是元公主和緣妹的前世今生，當他要去找小唐時，小唐已經出家，法名可能，遠走。