瑞克·卡特率領(lǐng)的遠(yuǎn)征軍在宇宙深處取得節(jié)節(jié)勝利，并和反抗因維人的外星人結(jié)成“哨兵同盟”。但就在2031年，地球?yàn)槿鸺顾暑I(lǐng)的因維人占領(lǐng)。2044年，遠(yuǎn)征軍調(diào)轉(zhuǎn)方向，開(kāi)始朝著人類古老的家園——地球挺進(jìn)。借助哨兵同盟成員海頓星人幫助，愛(ài)德華茲將軍將艦隊(duì)全部配備暗影技術(shù)，它可使艦隊(duì)不被因維人的探查設(shè)備所發(fā)現(xiàn)。此外，遠(yuǎn)征軍還依靠海頓星人開(kāi)發(fā)出更為強(qiáng)勁的中子S導(dǎo)彈。為了將因維人趕出地球，不惜犧牲半個(gè)星球?yàn)榇鷥r(jià)?！　≡诖似陂g，SDF-3神秘失蹤，瑞克也發(fā)現(xiàn)中子S導(dǎo)彈的奇怪之處。他告誡遠(yuǎn)征軍不要使用這個(gè)致命的武器。但遠(yuǎn)征軍已向因維人發(fā)起最后的攻擊……